引渡し前　トラブル

・すでに、検査（審査機関、もしくは役所）も受けて、検査済証の発行がされている。
・フラットの性能仕様を満たしている。
・雨漏れや目に見える構造体の欠陥等が無い。

のであれば、くやしいでしょうが、裁判はやらない方がいいと思います。
おそらく、欠陥住宅の相談の専門家のような方に依頼して、問題点を確定させ、裁判をすると思われますが、こういったことをして、勝ったとしてもそのコストパフォーマンスは非常に悪いです。
専門家や弁護士に払う費用は今回のようなケースですと、２００～３００万円程度かかります。

裁判をがんばって、業者から３００万円の賠償金を取った。
でも、裁判にかかった費用も３００万円。期間は２年以上・・・・。
なんて例がざらにあります。

特に欠陥住宅専門家の方に相談すると、どんどん事態が大きくなって収拾がつかない状態になってしまうことがありますので、注意が必要です。

今回のケースであれば、「遅延金や、あなた（工務店）の仕様間違いに対する責任は負わないし、請求もしないから、追加金額の請求はしないでください。」と弁護士を通じてお話しして（内容証明を出すと、喧嘩になってしまいますのでやめましょう）、「痛み分け」にするのがベターだと思います。
裁判に慣れている社長さんであれば、施主さんとの裁判の大変さをよく知っていますので、妥協案を飲むと思います。
むしろ、好都合です。

納得はできないでしょうが、事態を大きくしてしまうと、新居で楽しく過ごせる時間を裁判や調査に食われてしまい、その間のいやな気分、芳しくない結果に終わった場合の焦燥感がすごいダメージになります。

ただ、以上は、雨漏れなどの直接的な欠陥がない場合のお話しです。
直接的な欠陥がある場合は、設計をお願いした設計事務所に依頼して、欠陥個所を特定させ、工務店に直させ（または、直すお金をもらい）、その上で引き渡しを受けましょう。
補修を行ってくれない場合は、裁判もやむなしです。

裁判費用+補修費用＝工務店からもらう費用。になってしまっても、この場合はきちんとやりましょう。

>変更見積の内容を、社長が金額変更、項目追加してきた事です。
極論で言えば問題ない行為です。

>請負契約変更契約書を作成し渡された事です。私は合意しておりません。
合意していなければ署名捺印もないので、契約は存在しません。

>監理を工務店でしたので、打合せに要したお金を請求する事も考えている
監理契約について、金額の取決めをしていなければ、実費を請求されるのは仕方がありません。

>発注済の金額も含むという、おかしな計算です。
設計屋さんにここの査定だけお願いしたらどうですか？違約金を払って貰えるのでしたら払って貰いましょう。

>拒むと、鍵を渡さないと脅すのでしょうか。
引き渡し前の建物は工務店に所有権が通常あります。脅しということではないです。
　
工務店も工事の間違いは修正しているようですので、性能に問題がなければ、悪い人とは思えません。
スレ主さんがこういった知識がないだけです。
弁護士は必要ないと思います。社長さん話は分かる人と思いますので、疑いは持たないで話し合ってください。