皆様ならどうしますか？

私なら③が良いかな。
ただし、第三者機関みたいなところの検査が入っていて、ＯＫならばの話。

私なら、そのHMとは契約しないと思われるの（基礎重視ならどこかの現場を事前に見に行き、田植えをしていた時点で×）であまり参考にならないかもしれませんが、
①50万は勉強代として捨てる覚悟をする
②やり直しを要求する。出来ないのなら解約する事を伝える＝結論が出るまで工事は進めないように念を押す
③交渉は対面で行い、すべてレコーダーで記録する
④伝達ミスがあったと発言させる（シナリオ作成しておく）
⑤信用して契約したが、信用できない。新しい家を夢見てお願いしたが、信用できない以上進められない・・・（進めたいが進めなくしたのはHMであることを印象付ける。奥様が涙ながらに語ると効果は高い）
⑥おそらく金銭的解決を言ってくる
⑦なめてるのか！金をよこせと誰が言った！とご主人が怒る。
⑧50万は基礎解体に使ってください。金を返せとはいいいませんから、更地にして返してくださいと解約要求。
⑨やり変えの返答
まずはスレ主がどうしてほしいかが重要なのです。それによって交渉の組み立てはまったく違ってきます。上記はやり変えをしてほしい場合の組み立てです。金銭解決が望みなら違いますね。

口約束も約束です。当然、こちらの要望どおりにきちんとやり直させて然るべき。
・・・と、言いたいところですが、
＞右に左にひどい状態
の、程度次第かな。

有名なところでは、さくら事務所（http://www.sakurajimusyo.com/）のような
いわゆるインスペクションサービスと呼ばれる調査業者を入れて施工状態を確認・判定したい、
と言ってみてはいかがでしょうか。
（このまますすめてしまって問題があるかどうか、ということです）
もちろん、
・サービスに掛かった費用はあとでHMが支払うこと
・調査の結果がNGであれば、もちろん、無条件でやり直すこと
・その間工事が止まることに因る施主の損害があれば、HMが払うこと
を事前に承諾させる必要がありますね。

…でも、ここまですれば、HMのほうで最悪の事態を想定して『基礎やり直させて下さい』と
むこうから言ってくるんじゃないかな？
（最悪、全部払うようなハメにでもなれば、HMも踏んだり蹴ったりだからね・・・）

>No2様

基礎に問題ないことありきで考えるなら③が良いかもしれません。
一応入るのですが、ＨＭよりの機関なので信用性に欠けます。

>No3様

シュミレーションありがとうございます。
②の工事をストップすることは、やはりＨＭにとってデメリットになるのでしょうか？
今までの話ですと、悪かったと思うが特に何もしません！！と言った感じです。
ＨＭが悪いとは言え、こちらからの解約では契約上５０万円だけでは済まなかった気がします・・。