南側に3階建てが建っている土地

＞南側の隣家との距離がない場合、窓をもうけてもあまり採光の意味はないでしょうか？

ざっくりですが春から夏までは日差しが入ると思いますので、採光の意味はあると思います。
工務店に提案いただいたような、ごく普通に南側に掃き出し窓を配置した間取りを作られたらいかがでしょうか。

南側をテレビや収納にしてどちら向きに暮らすのか、道路が敷地のどちら側にあるのかとかもよく分かりませんが、やはり一番明るいのは南側と思います。

都会ですと、南道路以外で南側に２メートルあればまあまあ立派な敷地と言えると思います。
とはいえ、前が３階で２メートルですと一階も二階も全部前の家からは丸見えなのでカーテンが必須になるでしょう。

我が家は南側道路の2階建て、北側に1メートル高くなって後ろの家があります。
我が家から北側の家の窓まで3メートル、段差があっても冬は陽当たり悪いようです。
いっそ南側ギリギリまで建てて、家の真ん中に明かり取りで中庭でも作った方が、南側の家の勝手口やらトイレの窓等視界に入らず良いかも。
中庭なら、カーテンも一日中要らないし。
防犯にもなるしね。

南側を収納等で完全に塞いでしまった場合、
南以外の方角からの採光は望める間取りなのでしょうか？

日差しは望めないものの、北側は明かりが安定しているので、
間取りによっては、南に背を向けるのも良いと思いますが、
周囲の建物や間取り等で、成功と失敗の落差が大きいかもしれません。

＞２さん、一番日差しのほしい季節なのに、冬の日当たりは望めませんよね。まあ、それは仕方がないことですが、南道路と北道路の両方住んだことがありますので実感として、冬の日差しは家全体も暖かくなるので暖房費も相当違ってくるのは確かだと思います。三階建てが建築可能な地域とのことですので、スレ主さんの家は駅近で便利の良い土地なのでしょう。それだけでも住む価値はあると思います。

中庭の間取りについて、確かにおしゃれで良さそうですが家のメンテとか耐久性耐震性などはどうでしょうか。またリフォーム代も割高になってきます。私は何軒もの色々な工法の家に住みましたが、やはり一番メンテが楽で安くなるのはシンプルな形状の建物の家です。屋根の形も寄棟や切妻といったシンプルな形の物が一番楽だと思います。

私自身新築することになり色々なHMを回って間取りの提案を受けましたが、HMの間取りは正直言ってイマイチでした。昔からの工務店さんの間取りの方が多分ですが、当たり前の普通の住みやすい間取りを提案してくれると思います。また、施主の希望があっても、どうしてもこっちのほうが良いと思う、と言ってくれる工務店さんであって欲しいと思います。建て直しを考えている古い建物は棟梁にどうしてもと言われて間取りを決めたのですが、長年住んでみて棟梁の意見を取り入れてやはり正解だったと思いました。やはりプロの意見には耳を貸すべきだと思います。

日差しだけが明かりじゃないですよ。型板を上部につけるだけでもかなり明るくなります。

3階にリビング
1階は風呂と収納

歳とったら大変だけど