標準装備の仕様ではなく他から買ったものを取り付けた場合

施主支給が可能かどうか確認して、出来るのなら自分でやればいいんじゃない。
わざわざＨＭ経由にする意味が分かりません。

出来なければ、素直に差額を払って変更してもらえば？

分離発注（ＣＭ方式）で建てたものですが、協力してくれる建設関係者がいないと
施主支給しても定価ベースで請求され、旨味は少ないと思います。
割高になっても構わないのなら、どんなメーカーの商品でも仕入れてくれると思いますが
ハウスメーカー（ホーム？）に全てお任せしてラクしたい方は、冒険しないほうが安く済むようです。
逆に予算・時間・人脈が豊富にある方はとことん拘ることが出来ると思います。

くだらないことですが、ちょっと前に「ホームメーカー」という表現をされる方が
こちらに書き込まれてましたが同じ方ですかね？
このサイトで一般的に「ＨＭ」と略されているのは「ハウスメーカー」のことです。
「ハウスメーカー」＝「家屋を築く業者」に対して、「ホームメーカー」は「家庭を築いて
くれる業者」って感じですかね？いえ、揚げ足を取っているわけではないですが、そのうち
そういう商売も現れてきたりして・・・・なんて思ってしまいました。

私が契約したHMも標準装備が特定4社の特定商品ですが、別に気に入らなければ型番を指定すると個別見積もりで差額請求になります。ごくごく一般的ですが標準装備品はその品物だけが特別仕切りで納入されるのでランクを下げても逆に差額請求される可能性さえあります。また、これも至極当たり前ですがHMは器具の販売も儲けのうちなので施主支給に対してあまり良い顔はしません。
HMを儲けさすのがヤダから施主支給するのではなくどうしてもこれじゃなきゃヤダという思いを営業マンを含め工務担当者にも理解してもらって少々高く付いても良いなら施主支給するべきです。
どうしてもだったら親戚が仕入れ業者をやっていて義理でそこから買わなくてはならない事情があって既に在庫として抱えてもらっていてキャンセルできないとか言ったら協力してくれるかも知れません。ただ、前述したように器具の販売も儲けのうちなので、差額が加算のときは経費も入れますが、抜くときは経費は抜いてくれないので結局高く付くと思います。
私も、父が設備屋を営んでいるので安く入るのではないかと思っていましたが、業販で買ってもかなわないかもと言っていました。あくまで町の水道屋レベルでの話です。工事費だけ抜いてもらって配管だけはやってあげるけど設備はHMの指定品を入れるのが結局一番お得とのことです。
したがって施主支給はやめた次第です。